Aktivitas pergerakan antara Malang-Jakarta merupakan pergerakan yang cukup ramai. Pergerakan antara kedua kota tersebut dapat dilayani dengan kereta api dan pesawat terbang. Permasalahan pada moda kereta api dan pesawat adalah pergerakan penumpang pada trayek Malang–Jakarta cukup besar, tidak seimbang antara moda kereta api dan pesawat terbang. Dari permasalahan tersebut perlu dilakukan analisis pemilihan moda transportasi. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode stated preference karena hanya membandingkan dua moda yaitu kereta api jayabaya kelas ekonomi dan pesawat batik air kelas ekonomi yaitu dari Malang ke Jakarta. Model analisis yang digunakan adalah Regresi dan Binomial Logit Selisih menggunakan SPSS V24. Dari hasil analisis untuk perhitungan pemilihan moda menggunakan metode binomial logit selisih, diperoleh model sebagai berikut. Untuk perbedaan Biaya diperoleh nilai probabilitas kereta api jayabaya kelas ekonomi 62,3% sedangkan pesawat batik air kelas ekonomi 37,7%, untuk perbedaan waktu tempuh diperoleh nilai probabilitas kereta api jayabaya kelas ekonomi 34,9%, sedangkan pesawat batik air kelas ekonomi 65,1%, untuk perbedaan waktu akses diperoleh nilai probabilitas kereta api jayabaya kelas ekonomi 40,8% sedangkan pesawat batik air kelas ekonomi 59,2 %, untuk perbedaan frekuensi keberangkatan diperoleh nilai probabilitas kereta api jayabaya kelas ekonomi 53,6%, sedangkan pesawat batik air kelas ekonomi 46,4%. Dari keempat atribut yang diperoleh, perbedaan waktu tempuh paling sensitif terhadap kemungkinan pemilihan moda antara kereta api jayabaya kelas ekonomi dan pesawat batik air kelas ekonomi.